Tras pasar por grandes equipos de la Liga española como el Athletic de Bilbao y la Unión Deportiva Las Palmas, llegó a la Selección en los años 90. Primero como Seleccionador de la Sub-18, Sub-19, Sub-20 y Sub-21 entre 1996 y 2002. Fue esta una época dorada.

Cercano, afable y dejando siempre el protagonismo a los jugadores, uno de esos futbolistas que crecieron de la mano de Sáez confesaba al diario El País que "Iñaki es cojonudo, muy cachondo y muy buen entrenador. Con él aprendes y además te ríes, es un colega y la verdad es que no ha cambiado nada. Cuando se mosquea se mosquea. Es un tipo muy duro y muy exigente. Pero es muy buena persona".
 

Antes de hacerse cargo de la Absoluta, Sáez completó un gran palmarés: campeón del Mundo Sub-20 en 1999, subcampeón olímpico (medalla de plata) en Sídney 2000 y campeón Sub-19.

Antes de hacerse cargo de la Absoluta, Sáez completó un gran palmarés: campeón del Mundo Sub-20 en 1999, subcampeón olímpico (medalla de plata) en Sídney 2000 y campeón Sub-19 de Europa en 2002 con un gol de Fernando Torres en la final contra Alemania.

Él fue el encargado de dar las primeras oportunidades a la actual generación, a los Casillas, Puyol, Marchena, Joaquín, Xavi, Xabi Alonso o Fernando Torres.

El éxito con la Sub-20 en Nigeria en 1999 le catapultó a la Absoluta años después. El camino de la Selección hacia el título pasó por ganar en la fase de grupos al Brasil de Ronaldinho por 2-0, empatar a cero con Zambia y ganar por 3-1 a Honduras. En los octavos Estados Unidos lo puso difícil pero el encuentro acabó con victoria española por 3 a 2.

"Derrotamos a rivales tan duros como Brasil y Ghana, que siempre nos ganaban, y eso nos dio confianza", aseguraba en una entrevista Iñaki Sáez. En las semifinales España ganó 3-1 a Mali donde había jugadores de la talla de Keita y Diarra y en la final, aquel imborrable 24 de abril de 1999, la Selección fue intratable: ganó 4-0 a Japón.

El torneo sirvió de cantera para forjar a algunos de los jugadores de la actual generación. "Sin duda alguna el jugador que más me sorprendió fue Xavi. Estaba un nivel por encima, parecía que era mayor que el resto cuando en realidad era de los más pequeños", recuerda Iñaki Sáez. "Él y Gabri fueron los mejores. De hecho, protestamos cuando le dieron el Balón de Oro a Seydou Keita porque no nos parecía justo", añade.

Luego, en los JJOO de Sídney en el años 2000, Sáez llevó al equipo hasta la final contra el Camerún de Eto,o que se llevó el oro. Fue una experiencia muy importante porque allí ganaron enteros hombres como Puyol, Xavi y Capdevila.

“Tenemos un equipo bueno, muchos están jugando en Primera División, cosa que antes no sucedía. Ahora todos los jugadores tienen un rendimiento contrastado en Primera, tenemos ese estilo de juego que nos caracteriza y que los jugadores de esta Selección practican”, confesaba el propio Sáez.

Finalmente, dirigió a España como Seleccionador Absoluta en la Eurocopa de 2004 donde la Selección no pasó de la primera fase, la de grupos, ya que el equipo tuvo la mala suerte de coincidir con los dos conjuntos que acabaron jugando la final, Portugal y Grecia.